氫氣發生器的工作原理，氫氣發生器產出的氫氣有兩種不同的來源。下面對這兩種工作原理進行簡易的比較：

純水電解制氫

把滿足要求的電解水（電阻率大于1MΩ/cm，電子或分析行業用的去離子水或二次蒸餾水皆可）送入電解槽陽極室，通電后水便立刻在陽極分解：2H2O=4H++ 2O-2，分解成的負氧離子（O-2），隨即在陽極放出電子，形成氧氣（O2），從陽極室排出，攜帶部份水進入水槽，水可循環使用，氧氣從水槽上蓋小孔放入大氣。氫質子以水合離子（H+•XH2O）的形式，在電場力的作用下，通過SPE離子膜，到達陰極吸收電子形成氫氣，從陰極室排出后，進入氣水分離器，在此除去從電解槽攜帶出的大部分水份，含微量水份的氫氣再經干燥器吸濕后，純度便達到99.999%以上。

堿液電解制氫

工作原理是傳統隔膜堿液電解法。電解槽內的導電介質為氫氧化鉀水溶液，兩極室的分隔物為航天電解設備用上等隔膜，與端板合為一體的耐蝕、傳質良好的格柵電極等組成電解槽。向兩極施加直流電后，水分子在電解槽的兩極立刻發生電化學反應，在陽極產生氧氣，在陰極產生氫氣。反應式如下：陽極： 2OH--2e → H2O+1/2O2↑ 陰 極： 2H2O +2e →2OH- +H2↑ 總反應式： 2H2O → 2 H2↑ +O2↑ 本儀器對壓控、過壓保護、流量顯示、流量追蹤等均實行自動控制;使輸出氫氣能在恒壓下，根據氣相色譜儀用氫氣量，實現全自動調節（在產氣量范圍內）。

氫氣發生器的原理：使用壽命較長的內置水泵把蒸餾水從內部水箱抽送到高分子聚合物交換膜電解（PEM）電池中。在進入電池的過程中，水通過專用濾筒進行過濾和除去離子，并且對水的電導率進行測量。潮濕的氫氣穿過高分子聚合物交換膜，首先被氣液分離器干燥并且然后通過靜態干燥器（無需維護）進行干燥。然后，通過把電流反饋到電解電池中，對氫氣壓力水平進行監控，并且把氫氣壓力調節為設定壓力。

可提供自動注水套件，使儀器能更長時間地自行運行。